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 樣品/數據

樣品 – 中央研究院冷凍電顯設施Vitrobot使用說明
  Vitrobot使用規範暨同意書
  由於以Vitrobot製備冷凍電顯樣品為高解析結構最重要的一環,但因每個樣品的特性與保存溶液的不同,Vitrobot的最佳製備條件也就有異,再加上樣品製備過程充滿變因,應由最了解自身計畫的使用者不斷嘗試實驗樣品的最佳製備條件為上,況且本設施人力有限,難以一一提供客製化服務,但本中心設施提供中研院院內人員Vitrobot的基礎教學與認證,使用者經過考試認證後,可自行嘗試各種實驗條件,以製作出最合適的冷凍電顯樣品,進一步獲得高解析度的結構。
 
 
Q1. 為何Vitrobot限院內通過認證之使用者申請?
A1. 因設施安全管理及高精密儀器損壞賠償之責任追究考量,現僅院內之員工證件可以通過身分識別管理系統;又,為確保儀器正常運作、維護所有使用者的權益,故限制通過教學認證之院內使用者申請使用。
Q2. 院內使用者何種情況下,可以委託ASCEM代為操作Vitrobot?
A2. 當使用者的需求屬於偶爾為之,或樣品屬性很單一、簡單(例如:liposome)。又或在實驗計畫有急迫性需求且人員受訓未完的情形下,本設施可支援操作。詳細辦法請見A3。
Q3. 院外申請者的使用途徑?
A3. 由於國內其它單位(如:臺大物理所、成大、同步輻射中心、中研院基因體中心等)亦配有Vitrobot或同等之樣品製備儀器,建議院外使用者可先逕行在其它單位製備樣品。

或者,可經由與中研院院內人員之合作關係,委請該實驗室完成認證的人員進行樣品製備,抑或洽詢臺灣蛋白質計畫研究團隊支援(http://tpp.ibc.sinica.edu.tw/index.php)。

若仍有直接申請本設施Vitrobot之需求,可由設施人員代為操作,詳細辦法如下。

Vitrobot代操作辦法(基於本設施申請與預約原則設置):
1. 使用者如有需求,本設施人員可代為操作Vitrobot,代操作費用另計,院內NT1,000元/次,院外2,000元/次。
2. 與設施人員聯繫溝通確認後,請至中研院「院方儀器預約管理系統」提送「案件申請」自行預約Vitrobot2,可預約時段為週一至週五14:00-16:00。
3. 請於上機時間前送交樣品,未能準時送達者,不予補製作並仍依規定收費。
4. 每次製作樣品最多製作4片網格。如遇樣品全數失敗(參見附圖),設施可重新代製一次,並減免重製當次之代操作費用(儀器使用及耗材仍需計價收費)。
5. 製作冷凍樣品前請與代操作人員聯繫,溝通樣品狀態及製作冷凍樣品條件,未溝通者僅依儀器常用設定參數製作冷凍樣品。
6. 冷凍樣品製作條件為儀器管理者與使用者討論後之共識,樣品完成後之冰層厚薄會因樣品狀態而有差異,無法保證網格冰層一定符合實驗需求。
7. Vitrobot代操作範圍不含網格的前處理,例如網格清洗及各種塗層(coating)。
8. 生物安全疑慮之樣品需先經過設施指導委員會同意,請以Google表單申請並檢附相關安全證明
冷凍樣品製作失敗範例 冷凍樣品製作未失敗範例
 
數據 – On-the-Fly Motion Correction服務說明(2022.02)
 
為加速各項重要實驗進行,ASCEM已完成CEM3/4 On-the-fly motion correction服務建置,並依設施服務經驗預設常用參數。
1. 服務申請:請於院方儀器預約管理系統提送「案件申請」時勾選需求。
 
 
使用預設參數者,請勾選「Yes (Default Parameter)」。
需更動參數者,請事先與PI達成共識後,勾選「Yes (User defined parameter) 」,並註明新參數值。
2. 資料傳輸與保存
 
On-the-fly motion correction
服務
產出檔案類型 預設的資料傳輸模式
使用 校正影像檔
corrected images
由設施協助傳送至ASGC
原始影像檔
raw images
由使用者自備硬碟至設施下載保存
(例外需求請與儀管人員聯繫)
未使用 原始影像檔
raw images
由使用者自備硬碟至設施下載保存
(例外需求請與儀管人員聯繫)
 
為確保服務順暢,設施將定期清理使用者的實驗數據資料,原則上CEM3可保留二個月,CEM4三個月。如有異動,儀管人員會另行通知。
ASGC計算與儲存資源服務之使用及收費辦法則另依循ASGC訂定之規範。
 
數據 – ASGC帳號及DiCOSAPP資料處理 (2019.08)
 
帳號申請
  中研院院內使用者可直接使用SSO帳號。
院外使用者或無SSO帳號者,請先申請DiCOS帳號。
DiCOSAPP 資料處理
  Overview
  帳號申請相關問題,可透過業務信箱cryoem@gate.sinica.edu.tw諮詢。
  技術使用相關問題,可與吳宗訓先生聯繫DiCOS-Support@twgrid.org
冷凍電顯資料儲存與運算資源付費服務
  因應冷凍電顯研究產生之大量資料,冷凍電顯設施與網格中心合作開放付費使用的資料儲存空間。每個冷凍電顯用戶群組會有獨立的資料管理目錄,並由群組PI作為此服務管理的聯繫窗口。
  收費標準為年費新台幣1,000元/TB,期限為當年度1月1日至12月31日,期間可隨時提出增加空間的需求,但使用期限仍至當年度12月31日止。收費方式如同設施使用費。中研院院內使用著將透過院內轉帳系統付費,院外使用者則會收到繳款明細及繳款方式說明。
  使用運算資源者,應於學術發表中致謝TPP、ASCEM、及ASGC。
  有關帳戶及資料儲存/刪除的管理政策,請詳閱設施說明 (中研院冷凍電顯設施與網格中心之冷凍電顯資料儲存與運算資源使用)。
 
 

聯繫資訊:中央研究院冷凍電顯設施   Email:cryoem@gate.sinica.edu.tw

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